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表观遗传学研究
Chip-seq---组蛋白修饰 MeRIP-seq (RNA甲基化测序) ATAC-seq(染色质可及性测序) BS-seq(DNA甲基化测序) CUT&Tag bsRNA-seq(重亚硫酸盐RNA测序) m5c MeRIP-seq(甲基化RNA免疫沉淀测序)
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转录组学研究
绝对定量转录组测序(UMI RNA-seq) mRNA测序 miRNA测序 lncRNA测序 circRNA测序 互作转录组测序
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互作&免疫
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基因组学研究
mRNA-seq只能检测mRNA吗?
不是的,mRNA-seq还可以检测所有带有polyA尾的lncRNA。
mRNA是蛋白编码基因转录而来,经过翻译将遗传信息从DNA传递到蛋白质的RNA。真核生物DNA首先被转录生成pre-mRNA,经过一系列加工过程形成成熟的mRNA,转运到细胞质中,通过核糖体翻译成蛋白质。mRNA的成熟需要经历三个主要的加工过程:
- 剪接
- 5' Capping
- 3' polyadenylation
因此,成熟mRNA的3’末端都带有polyA尾。
mRNA-seq是为检测mRNA表达、加工发展出来的高通量测序技术。其技术原理,是对RNA中含有polyA尾的mRNA和部分lncRNA,使用oligo dT进行富集。进而对富集下来的mRNA/lncRNA进行片段化,经过逆转录、公共测序接头连接、PCR扩增之后,得到测序文库。进而对测序结果进行生物信息学分析,从而获得RNA中的基因表达、可变剪接、RNA编辑等信息。
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