CLIP测序-武汉康测医学检验有限公司

CLIP测序

产品简介

CLIP-Seq（crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing）即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序，通过高通量研究RNA结合蛋白（RNA Binding protein，RBP）在体内与众多 RNA 靶标的结合模式，并揭示其在一些重要生物学过程中的功能，是一项在全基因组水平揭示 RNA分子与RBP相互作用的革命性技术。也被应用到 miRNA 靶标鉴定、lncRNA生物学功能研究等工作中。

CLIP-seq 的应用范围：

（1）绘制全基因组范围的RNA和RBP相互作用图谱，解析“Argonaute（Ago）—miRNA—mRNA”三者的相互作用；

（2）RBP与miRNA、lncRNA等非编码RNA的作用网络与功能的发现；

（3）与 RIP-seq 相比，CLIP-seq可以鉴定RBP和RNA之间的直接相互作用，确定 RBP 与miRNA、lncRNA 等非编码 RNA 的精确结合位点。

技术流程

建库方法项目流程

技术优势

团队实力：核心团队由来自加州大学圣地亚哥分校（UCSD）、武汉大学、华中农业大学的博士后组建，成员已在Nature、Cell、Molecular Cell、Nat. Struct. Mol. Biol.、Proc Natl Acad Sci USA等国际顶级期刊发表文章十余篇，包括运用CLIP-seq发表的文章：Jiang L, Shao C, Wu Q J, et al. NEAT1 scaffolds RNA-binding proteins and the Microprocessor to globally enhance pri-miRNA processing.[J]. Nature Structural & Molecular Biology, 2017, 24(10):816.（ IF：12.595）康测科技团队成员吴启家是文章的共同第一作者，参与了实验方案的设计和实施操作。
项目经验：公司已完成50余物种、1000多项ChIP-seq、RIP-seq、CLIP-seq实验及测序分析服务，包括动物（人、小鼠、大鼠、人、羊、牛、鸡、猪、鱼等）、植物（拟南芥、水稻、棉花、小麦、土豆、番茄、苹果、葡萄、白菜、苜蓿二穗短柄草等）、微生物（大肠杆菌、禾谷镰刀菌、弧菌等）以及复杂组织（如土豆块茎、脂肪细胞）。
高成功率：组蛋白ChIP-seq成功率接近100%，转录因子ChIP-seq成功率超过95%，RIP-seq、CLIP-seq成功率接近95%。
严格质检：对IP抗体进行严格的质检和效价评估，对实验体系耐心优化，并提供详细的质检报告，可供文章发表使用。
数据分析：自主开发的分析流程，特有的Peak calling技术，可提供个性化、多组学关联分析，帮助解析目的蛋白调控机制。

结果展示

Peak 在 RNA 上的分布

Peak 相关基因的 KEGG 通路富集分析

Peak 的 motif 分析

案例解析

CLIP-seq 确定旁斑参与 pri-miRNA 加工成熟

旁斑是细胞核内的一种独立的核糖核蛋白小体，NONO、PSPC1、PSF 和 lncRNA——NEAT1，共同形成旁斑结构。作者发现旁斑广泛参与 pri-mi-RNA 的加工，敲除其组成蛋白导致大部分 miRNA 表达下调。在研究旁斑参与 miRNA 加工的机制中，作者首先使用了 CLIP 测序分别鉴定 NONO 和 PSF 直接结合的靶标 RNA。单独使用 NONO 抗体亦或 PSF 抗体都能将两个蛋白形成的异二聚体沉淀下来。CLIP 测序结果显示：在 Hela 细胞中表达的 pri-miRNA 中，约 2/3 都被 NONO–PSF 结合，且 NONO 和 PSF 的结合峰分布非常吻合，在产生 6 种成熟 miRNA 的 pri-miRNA 序列位置的结合峰尤其明显，说明 NONO-PSF 形成二聚体共同参与 pri-miRNA 的加工成熟。

参考文献

Jiang L, Shao C, Wu Q J, et al. NEAT1 scaffolds RNA-binding proteins and the Microprocessor to globally enhance pri-miRNA processing[J]. Nature structural & molecular biology, 2017.