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转录因子ChIP测序 Chip-seq就是研究这些DNA结合蛋白功能的重要工具。Chip-seq测序（CHromatin ImmunoPrecipitation and high-throughput SEQuencing）是将染色质免疫共沉淀和高通量测序相结合的技术。通过特异性抗体，将待研究的目标DNA结合蛋白-DNA形成的复合物沉淀下来，从而获取该蛋白结合的DNA。通过对DNA进行高通量测序，即
B细胞受体（BCR）测序 B细胞受体（BCR）是B细胞表面上的跨膜蛋白，由形成I型跨膜受体蛋白的免疫球蛋白分子组成，通常位于这些淋巴细胞的外表面。BCR通过生化信号传导和从免疫突触中物理获取抗原，从而控制B细胞的活化。B细胞能够通过BCR识别、结合和内吞抗原，并最终进行抗原递呈。BCR-seq是为检测BCR多样性发展出来的测序技术，和TCR-seq一样，目前有两大主流技术：多重PCR和5' RACE。
T细胞受体（TCR）测序 TCR-seq常用于评价各种免疫相关疾病和遗传性突变引起的某个物种所有T细胞或特定T细胞激活介导的细胞免疫反应中TCR基因重排碱基序列，以及各序列的丰度，用于研究不同T细胞克隆的转录情况和相互间关系，从而揭示更深层次的T细胞功能特异性，继而解释免疫应答机制、免疫耐受原因，免疫调节形式等相关生命现象。
RIP测序 RNA结合蛋白（通常缩写为RBP）是具有结合双链或单链RNA能力的蛋白，真核生物约有500个RNA结合蛋白编码基因。RBP包含各种结构基序，例如RNA识别基序（RRM），dsRNA结合结构域（dsRBD），锌指（Zinc Finger）等。RNA结合蛋白在RNA的转录后调控中起着核心作用，广泛参与RNA剪接，聚腺苷酸化，出核、定位以及翻译的过程，并且是mRNA稳定性的主要调控因
CLIP测序 CLIP-Seq（crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing）即紫外交联免疫沉淀结合高 通量测序， 通过高通量研究RNA结合蛋白（RNA Binding protein，RBP）在体内与众多 RNA 靶标的结合模式，并揭示其在一些重要生物学过程中的功能，是一项在全基因组水平揭示 RNA分子与RBP

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