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Chip-seq---组蛋白修饰 Chip-seq测序是将染色质免疫共沉淀和高通量测序相结合的技术。通过组蛋白特异性抗体，将带有特定修饰的组蛋白-DNA复合物沉淀下来，从而获取该组蛋白结合的DNA。通过对DNA进行高通量测序，即可获得该组蛋白在染色体上的分布情况。
MeRIP-seq (RNA甲基化测序） meRIP-seq是参考Chip-seq发展出来的鉴定RNA修饰的一种方法，可以广泛应用于RNA修饰的研究，只要目标修饰存在商业化抗体，就可以针对该修饰进行meRIP-seq研究。目前meRIP-seq已成功应用于：m6A修饰（m6A-seq）、m1A修饰（m1A-seq）、m5C修饰（m5C-seq)
ATAC-seq（染色质可及性测序） ATAC-seq（Assay for transposase-accessible chromatin sequencing）是目前染色质构象研究的主流工具。其原理是，通过Tn5转座酶在细胞核内的染色质DNA上进行随机转座：开放区域的染色质由于DNA暴露，因此可以发生转座；紧缩区域的染色质由于DNA被压缩折叠，转座酶无法接近，因此不能发生转座。
BS-seq(DNA甲基化测序） DNA甲基化和去甲基化的动态平衡控制着生物体中基因表达的强度。甲基化可以改变DNA片段的活性，当位于基因启动子中时，DNA甲基化通常起到抑制基因转录的作用。在哺乳动物中，DNA甲基化对于正常发育至关重要，并且与许多关键过程相关，包括基因组印迹，X染色体失活，转座因子阻抑等，DNA甲基化水平的异常会导致疾病发生。
CUT&Tag CUT＆Tag是“Cleavage Under Targets and Tagmentation”的缩写，是一种用来研究蛋白质和DNA之间的相互作用，并确定目标蛋白质的DNA结合位点的方法，其技术目标和Chip-seq类似。CUT＆Tag中，首先使细胞膜具有通透性，然后加入目标蛋白的一抗孵育，进而和二抗孵育，最后加入proteinA-Tn5和测序接头的复合物。Tn5将通过pA-
bsRNA-seq（重亚硫酸盐RNA测序） RNA上目前发现存在着170多种不同类型的转录后修饰，并且所有已知的RNA种类都可以被修饰，其中rRNA和tRNA的修饰最多。mRNA上的主要修饰类型包括m6A、m1A和m5C。m5C修饰是最早发现的RNA修饰之一，最初研究表明主要分布在tRNA和rRNA上，近期研究表明，真核生物的mRNA上也存在m5C修饰，其可以维持mRNA的结构和稳定性、调控翻译过程等。与m6A修饰类似，
m5c MeRIP-seq(甲基化RNA免疫沉淀测序) RNA上目前发现存在着170多种不同类型的转录后修饰，并且所有已知的RNA种类都可以被修饰，其中rRNA和tRNA的修饰最多。mRNA上的主要修饰类型包括m6A、m1A和m5C。m5C修饰是最早发现的RNA修饰之一，最初研究表明主要分布在tRNA和rRNA上，近期研究表明，真核生物的mRNA上也存在m5C修饰，其可以维持mRNA的结构和稳定性、调控翻译过程等。与m6A修饰类似，

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