刚刚小编在“生信人”公众号上发现了一篇有趣的文章：
看来，大家对于RNA-seq数据的qPCR验证是不堪其扰、深受其苦。对于该验证是否必要想必也是仁者见仁智者见智，大家应该都有自己的看法。
看了这篇文章，小编突然记起近期公司发生的一个案例，分享给读者。
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起因是一个客户在X公司测得了一批RNA-seq数据，后在我们公司使用相同的样本进行meRIP-seq，做的时候为了避免批次效应，又做了一次RNA-seq测序。
结果出来后，发现两个公司的RNA-seq结果差异很大。我们获得了300多个差异基因、X公司获得了200多个差异基因，其中公共的只有116个。
这种冲突是原则性问题，因此我们设计引物，使用剩余的RNA，对不一致的4组中的三组，委托第三方公司，进行了qPCR验证。结果如下：
>>方向一致、差异不同的196个基因<<
---康测差异显著、X公司不显著---
· 我们选择了B基因进行了qPCR验证；
· 该基因在X公司结果中上调了约10%，我们的结果中上调100%，约为2.1倍；
· qPCR结果表明，该基因表达存在显著上调，sh表达量约为NC表达量的2倍左右。
和我们的结果一致
>>方向一致、差异不同的56个基因<<
---X公司差异显著、康测不显著---
· 我们选择了E基因进行验证；
· 该基因在X公司的结果中下调了60%，我公司的结果中下调了10%；
· qPCR验证结果表明该基因存在下调，下调幅度在10%~30%之间。
和我们的结果更为接近
>>>冲突：我司显著上调、X公司下调<<<
· 我们选择了A基因进行验证；
· 该基因在X公司的结果中下调了30%，我公司的结果中上调了200%；
· qPCR验证结果表明该基因存在显著上调，上调幅度150%。
和我们的结果一致
我们一共验证了6个基因，验证率100%。事实上，从公司成立至今，我们与客户就数据的可靠性发生了五六次这样的battle----迄今为止，未尝败绩。
看到这里，您认为RNA-seq数据需不需要验证呢？
· 从原理上来讲，RNA-seq相当于全基因组qPCR（小编导师语），是不需要验证的；
· 从现实来讲，服务商水平的差异、实验操作的差异是事实存在的，qPCR又有其存在的必要性。
因此，一方面像前文费老师讲的，我们的实验需要well designed, with replicates, with robust statistical analysis；另一方面，选择可靠的服务商也很重要。康测RNA-seq的两个杀手锏，助力您获得更加可靠的研究结果：
· UMI-enhanced去重获得更准确的表达信息
· 全自动高通量建库仪获得更稳定的结果
