互作转录组可以帮助我们研究物种之间的寄生、感染、共生等互作用关系，只构建一个文库就可以对多个互作的物种进行表达量的研究。不过互作转录组说起来简单，做起来可不容易。

困难1：RNA量相对较低

比如，研究寄生菌和植物宿主之间的相互作用，取被寄生的植物叶片或根茎，提取RNA，那么绝大部分都是植物的RNA。再比如，研究病菌感染动物过程中两者的互作关系，取动物组织，提取RNA，那么绝大部分还是被感染动物的RNA。从多篇研究寄生、感染的文章的结果可以看到，比对到寄生物种或感染物种的测序数据通常不足百分之十，甚至低于百分之一。

困难2：测序结果不准确

中低表达量基因的测序结果是不够准确的，这些基因极易受到建库PCR扩增的影响：所有的文库片段并非以同等速率扩增，扩增速率受到片段长度、GC含量、片段浓度等多方面的影响，容易扩增的片段极大的被富集，一些含量较低的片段或碱基偏好严重的片段甚至完全丢失。有文献证明，建库过程使用不同PCR扩增循环次数，会导致测序结果的不同，尤其是那些表达量不高的基因。这也解释了为何在对测序结果进行验证的时候，我们更倾向于选择表达量较高、差异倍数较大的基因进行验证。

寄生/感染物种的RNA仅占总体的一小部分，导致了它们容易受到建库PCR循环次数的影响，有时候为了检测低表达的基因还需要提高循环次数或测序深度，这就进一步放大了建库、测序的影响，测序的结果就更不准确了。

数字标签和互作转录组更配哦

对于PCR扩增的影响，康测科技已经有了完美的解决办法，那就是UMI（数字标签）。我们在逆转录获得cDNA片段后，给每一个片段添加独一无二的身份标签——UMI，经过多轮PCR之后，同一个片段扩增出来的片段都带有一样的UMI，这样我们就能够根据UMI，追溯到最初的那个片段，准确的还原样本的RNA组成，扩增多少个循环都不怕啦。

中低丰度基因更易受到不同PCR循环次数的影响（左），UMI可大大降低PCR的影响（右）

而且UMI还能帮我们纠正PCR扩增和测序产生的错误：扩增和测序的错误会使得相同UMI标签对应多个不同的序列，那么只需比较这些序列的相似性，即可纠正这些错误。