ChIP 实验分组 

在 ChIP 实验正式开始前，我们会将样品超声破碎，然后分成 input、IP 和 IgG 组。

Input 组：样品超声破碎后会先取出一小部分，作为 input，input 不进行后续的 ChIP 实验，而是阳性对照，帮助我们了解样本的原始状态。input 含有样本的所有蛋白和 DNA、RNA 等物质。剩下的部分样本，分为两部分 IP 组和 IgG 组。
IP 组：使用蛋白特异性的抗体进行免疫沉淀（ChIP），获取我们感兴趣的目的蛋白及其结合的 DNA。
IgG 组：使用 IgG 代替特异性抗体进行免疫沉淀。由于 IgG 无特异性，理论上不结合任何蛋白，它是作为空白对照，用于排除其他因素（非特异结合）对 ChIP 实验的影响。

ChIP 实验

实验所用的目的蛋白抗体（或 IgG）与磁珠偶联。
IP 组中，偶联抗体的磁珠与样本孵育，抗体结合目的蛋白，然后利用磁珠的磁性进行分离、洗涤、将目的蛋白与样本中的其他物质（如非目的蛋白、非结合 DNA）分开，实现目的蛋白及其结合 DNA 的富集。

而 IgG 组中，偶联 IgG 的磁珠同样与样本进行孵育、磁性分离、洗涤等操作，但 IgG 无特异性结合、富集。

WB 检测 ChIP 结果

ChIP 实验之后进行 WB 检测。若 ChIP 实验成功，input 组的泳道包含目的蛋白及其他非目的蛋白，目的蛋白可被一抗和二抗结合，最终会显出条带。IP 组富集到目的蛋白，在相应位置也有条带。此外一抗的重链会被二抗结合，产生条带，IgG 组没有目的蛋白，仅在抗体重链位置出现条带。

质检结果示例 

这是一个对小鼠的细胞成功进行组蛋白 ChIP 的项目，使用组蛋白特异性抗体，除 marker 外的泳道分别为 Input、IP 和 IgG。input 和 IP 组有目的蛋白的条带说明样本中有该组蛋白表达，并且 ChIP 实验成功的富集了目的组蛋白，而 IgG 组没有目的组蛋白条带，说明没有非特异结合，ChIP 效果非常好，IP 组和 IgG 组有抗体重链的条带，背景干净无杂带。